Természetrajzi gyűjtemény
A székelyudvarhelyi múzeum természetrajzi gyűjteménye a 20. század folyamán fokozatosan formálódott, meghatározó módon dr. Bányai János geológus adományai révén. Ezt megelőzően a református kollégium szertárából származó, korlátozott számú tárgy alkotta az állományt.
A világháborús időszak jelentős veszteségeket okozott a gyűjteményben, a tárgyak nagy hányada károsodott vagy megsemmisült. A gyűjtemény többszöri költöztetése pedig csak tovább rontotta a tárgyak állagát.
Bányai János a geológia számos területével foglalkozott, munkássága sokat tett hozzá a székelyföldi kutatásokhoz. Az erdélyi ásványvizek szakszerű kutatása ugyancsak Bányai János nevéhez fűződik. 1931-től pedagógusi tevékenységet fejtett ki székelyudvarhelyen, s ezzel egyidőben végezte a legeredményesebb kutatásait is. Az általa készített térképek mindmáig alapvető forrásul szolgálnak a kutatók számára. Bányai János munkásságának sokoldalúságát új faj (Amphora Banyaiana) felfedezése is igazolja. 1971-es halálát követően az általa birtokolt jelentős geológiai gyűjtemény, valamint saját szakkönyvtára a múzeum tulajdonába került. A geológiai állomány a romániai, valamint külföldi gyűjtésekből származik.
A nagy értékű adomány legnagyobb részét a múzeum a természetrajzi raktárban őrzi. A szakkönyvtár, a Bányai által rajzolt térképek egy része, valamint válogatott értékes kőzetek és ásványok a Bányai János személyének tiszteletére létrehozott emlékszobában került elhelyezésre. A legérdekesebb, elsősorban Székelyföldön gyűjtött kézetek és kövületek a szejkefürdői Borvízmúzeum kiállítását gazdagítják, itt az ásványvizeket, illetve keletkezésüket és kutatásukat bemutató teremben tekinthetőek meg tematikusan rendszerezve, a következő csoportok szerint : Az ásványvizek kőzetképző szerepe: negyedidőszaki forráslerakódások és barlangi cseppkőképződmények ; a paleogén és neogén időszakok (harmadidőszak) tengeri kövületei és kőzetei ; a kambrium–karbon időszakok (földtörténeti óidő, paleozoikum) kövületei ; Székelyföld fontosabb kőzettípusai ; ásványtani érdekességek.
A Bányai hagyatékából származik továbbá 487 herbáriumlap. Ennek feldolgozása már megtörtént, és katalogizálva a Székely Nemzeti Múzeum évkönyvében (Acta Siculica) került publikálásra.
A múzeum botanikai állományát 358 további olyan herbáriumlap gazdagítja, melyek a nemzeti kulturális örökség részét képezik. Az értékes gyűjteményt Nyárádi Gyula világhírű botanikus adományozta a múzeumnak. A katalógusok publikálása ugyancsak az Acta Siculicaban történt. A botanikai állományt további 353 herbáriumlap teljesíti ki, melyek Pap Sámuel gyűjtései révén kerültek birtokunkba.
1976-tól a természetrajzi gyűjtemény részét képezte a geológiai állomány, a szaktérképek, madarak, kisemlősök, különféle preparátumok és a herbárium állomány.
A jelenlegi természetrajzi gyűjtemény 8100 tárgyat számlál, s az alábbi összetételű: növények, gerinctelenek, kisemlősök, preparátumok, madarak, pillangók, kagylók és ásványok. A tárgyak legnagyobb hányada a múzeum gyűjtőterületéhez tartozó terepen volt begyűjtve, majd preparálva, meghatározva és konzerválva. Ezeket az adományok és vásárlások egészítik ki.